La educación superior en Colombia se inicia en el periodo colonial, y particularmente en los siglos XVI y XVII, con la fundación en Bogotá de las universidades Santo Tomás, San Francisco Javier, hoy Universidad Javeriana, y el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario.
En los primeros años de la República se despierta el interés por la educación superior, especialmente, por la necesidad de formar profesionales para la construcción del Estado. Con este propósito, en 1826 se fundaron las universidades centrales y públicas de Quito, Bogotá y Caracas.
Después de la disolución de la Gran Colombia, se aprueba una reforma educativa liderada por Mario Ospina Rodríguez que impulsa la educación técnica y científica, limita la libertad de enseñanza e introduce un carácter confesional a la educación.
Después de la Constitución de Rionegro, que estableció un régimen federal en el país, se efectuó una reforma educativa de corte liberal que entre otras características, desligó el poder civil del eclesiástico, estableció la escuela obligatoria y gratuita y redefinió el financiamiento de la educación por parte del Estado (Silva, 1989). En estos años se destaca la fundación de la Universidad Nacional de los Estados Unidos de Colombia y de la Universidad de Antioquia.
Los primeros años del siglo XX estuvieron caracterizados por la guerra de los Mil Días y la separación de Panamá. En materia de educación superior no hubo avances significativos toda vez que persistió el control estatal y la influencia de la iglesia católica.
Como hecho destacable, durante los años 20, se puede mencionar la fundación de la Universidad Libre en 1923. En la segunda mitad de la década de los cuarenta se crearon varias universidades regionales. En las décadas del sesenta y del setenta continúa la demanda por cupos universitarios, lo que da lugar a un aumento significativo en el número de programas y de universidades, especialmente de carácter privado. Durante este periodo, el número de estudiantes universitarios se multiplicó.
Se fortalece la formación técnica y tecnológica, se crea el Viceministerio de Educación Superior, al cual se le encarga de la inspección y vigilancia del sector y se adoptan medidas en materia de acreditación y de calidad de la educación superior.